Dolmen verplaatst spelers naar een sci-fi-universum waarin de mensheid verschillende sterrenstelsels heeft gekoloniseerd met behulp van ruimtereistechnologie en genetische manipulatie. In de game moeten spelers strijden op een verre planeet - Revion Prime - om een mysterie van buitenaardse wezens, corrupte bedrijven en onbekende dimensies te ontrafelen.
Achter alles lijkt een buitenaards ras genaamd de Vahani te schuilen. Deze wezens verplaatsen zich door het universum om de genetische samenstelling van andere soorten te veranderen. Het is niet duidelijk of hun motieven daarvoor nobel of kwaadaardig zijn. Er ontstaat een vermoeden dat de kristalsoort genaamd Dolmen de sleutel tot hun werk is. Aangezien Dolmen veel voorkomt op Revion Prime is dit de aangewezen planeet om het mysterie te doorgronden.