Allemaal dingen waar ge zelf voor verantwoordelijk zijt. Inline CSS gaat geen nadelen omvatten omdat het pas achteraf wordt ingeladen, wat wel nadelig kan zijn is als ge standaard slechte CSS toepast die dan door Javascript wordt omgekeerd. Waarmee ik bedoel het onzichtbaar zetten van bepaalde elementen die zonder JS eigenlijk ook zichtbaar zouden moeten zijn.
Voor Alt tags zijt ge ook zelf verantwoordelijk, het effectief weergeven ervan in een popupvenster is ook weer onbelangrijk omdat dat pas onclick wordt aangemaakt. Search Engines lezen gewoon de alt van uw imagetag uit.
Een paar externe JS'en gaan ook niet nadelig zijn voor uw SEO, wel mogelijk voor uw gebruiker. Maar als het u echt stoort kunt ge nog steeds probleemloos zelf een minified versie maken van die dependencies.
Het belangrijkste is dat het non-obtrusive Javascript is. Dus dat als Javascript afstaat de link nog steeds werkt en effectief linkt naar de grotere afbeelding die ge wilt weergeven, geen <a href="javascript:enlarge()"> dus.