Nagato had de rinnegan al voor de oorlog waar jiraya, tsunade en orochimaru jong adolescenten waren. Dus dan was Minato nog maar een kleine knul en obito en kakashi maar kleine bebekes, of wie weet waren ze zelfs nog niet eens geboren.
Ik denk dat obito jaren later nog rin heeft benaderd, hij zijn gevoelens verklaarde aan haar en zijn plan met Madara aan haar vertelde en dat hij een eind ging maken aan al het leed en de oorlog in deze wereld met de ultieme tsukyomi. Rin herkent haar jeugdvriend niet meer en zegt dat hij en zijn plan gek zijn en dat ze iedereen gaat waarschuwen voor hem.
In een moment van furie vermoordt obito haar, valt hij neer op de grond en begint te brullen en schreeuwt de naam kakashi uit en zegt dat het voor een of andere reden allemaal zijn schuld is.