De TRCwas een compromis waarin de meeste politieke partijen zich konden vinden. Men had de keuze uit vervolging van alle apartheidsdaders óf amnestie voor alle apartheidsmisdaden. Dat kwam neer op alles of niets. Vervolging van alle daders was onbegonnen werk, maar amnestie voor iedereen vond men ook onwenselijk. De kerngedachte van de TRC kan samengevat worden als amnestie in ruil voor waarheid. Persoonlijke amnestie werd alleen toegekend als de persoon in kwestie de volledige waarheid zou onthullen over zijn of haar misdaden begaan onder de apartheid.
De doelstellingen van de TRC waren erg ambitieus:
1. De Commissie wilde een zo volledig mogelijk beeld schetsen van grove mensenrechtenschennissen begaan onder apartheid.
2. De Commissie wilde amnestie verlenen aan misdadigers van het apartheidsregime en
3. de waardigheid van de slachtoffers herstellen.
Dit laatste gebeurde door de slachtoffers de kans te geven hun ervaringen te vertellen en door vergoedingen voor te stellen ter compensatie van de gebeurtenissen uit het verleden. en heden
Om deze doelstellingen te verwezenlijken werden drie subcomités opgericht. Human Rights Violations Committee (HRVC) — hier konden apartheidsslachtoffers hun verhaal doen. De Amnesty Committee die — onder vooraf bepaalde voorwaarden — amnestie kon verlenen. En het Committee on Reparation and Rehabilitation, welke aanbevelingen moest doen aan de regering over vergoedingen aan apartheidsslachtoffers.
Het HRVC ontving rond de 22.000 aanvragen van slachtoffers — zo'n 2000 mochten uiteindelijk hun verhaal in het openbaar doen. Het HRVC rondde zijn werkzaamheden af in juli 1997. In oktober 1998 verscheen het eerste deel van het indrukwekkende TRC Report. De Amnesty Committee maakte in mei 2001 een einde aan zijn onderzoeken.
In maart 2003 werd het tweede deel van het TRC Report (het eindrapport) overhandigd aan president Mbeki. Dit eindrapport van de TRC bevat een enorme hoeveelheid informatie over het apartheidsverleden. Het eindrapport is bedoeld als feitelijke geschiedschrijving én als monument voor de slachtoffers van het apartheidsregime.
De gedachte van een TRC heeft in andere landen in Afrika navolging gekregen, o.a. in Kenia, maar verder dan een gedachte is men niet gekomen.