1. Je hebt een herwerkte versie gezien, waarin de oorspronkelijke acteur vervangen werd door de Anakin die wij nu kennen.
2. Een officiële verklaring bestaat hier waarschijnlijk niet voor, maar Yoda en Obi-Wan hebben natuurlijk wel zoveel jaren de tijd gehad om zich te focussen op het verkennen en leren beheersen van the Force. Tis niet dat ze veel andere dingen konden doen he

. Ik denk dat ze gewoon zoveel verder stonden in het beheersen van de Force dan al die andere jedi's.
EDIT: Bovenstaande post bewijst dus dat ze inderdaad gewoon geesten waren door een betere beheersing van de Force.
3. Ook hier denk ik niet dat een officiële verklaring voor bestaat, maar ik denk wel dat het de echte 'geesten' zijn die verder leven in de Kracht. Zoals gezegd, Yoda, Obi-Wan en Anakin waren niet zomaar jedi's. Komt Qui-Gonn ook niet ergens terug als geest?
4. Zoals hierboven vermeldt, Star Wars is - net als Lord of the Rings - veel meer dan enkel de hoofdverhaallijn. Er zijn nog heel veel boeken, games (zowel voor de films, vb KotOR, als na de films, vb Jedi Outcast) en series/films (hierbij denk ik dan aan The Clone Wars, waarin het verhaal ook als canon wordt beschouwd).
5. Qui-Gonn is er inderdaad pas bijgekomen in de prequels. Ik denk dat hier wel een draai aan gegeven kan worden in de stijl van "Obi-Wan was een leerling van een andere meester, maar kwam tijdens zijn opleiding veel met Yoda in contact." Alsook, in III zie je hoe Yoda allemaal kleine padawans aan het trainen is - waarschijnlijk krijgt een padawan slechts een persoonlijke meester vanaf een bepaalde leeftijd.